La Marina de Guerra Auxiliar de Euzkadi fue una de las unidades militares más singulares y peor conocidas de las que tomaron parte en la Guerra Civil de 1936-1939. Su dependencia exclusiva del Gobierno Vasco, le dió además una gran significación política. Fue creada en octubre de 1936 por la Consejería de Defensa del Gobierno Vasco para ayudar a la Armada Republicana en la protección al tráfico marítimo y a la actividad pesquera en aguas propias y mantuviera libres de minas submarinas los accesos a los puertos vascos. Las circunstancias políticas y militares del conflicto ‑en especial el hecho de quedar aislado el Norte del resto del territorio gubernamental‑, el bajo rendimiento de las Fuerzas Navales del Cantábrico republicanas –que generaron no pocas tensiones entre las jefaturas de ambas fuerzas y desembocaron en una mutua desconfianza‑ y la personalidad del jefe de la Marina Auxiliar, Joaquín de Egia, condujeron a que esta fuerza naval adquiriera una autonomía orgánica y operativa absoluta respecto de la Marina Republicana.
Para organizar esta fuerza auxiliar, Egia convirtió en “buques de guerra” a un buen número de pesqueros que estaban refugiados en Bilbao, sin ninguna ocupación. En su mayoría habían llegado en la evacuación de Pasajes. Les dotó de artillería en unos casos (bous armados) o de aparejos para el rastreo de minas submarinas en otros (dragaminas). Todos los buques fueron pintados de color gris aplomado, llevando en sus amuras, en color negro, la inicial de su nombre o el numeral correspondiente; izaban la ikurriña a proa y la bandera tricolor republicana a popa. Las tripulaciones se organizaron con personal voluntario, procedente de las marinas mercante y pesquera, que suplió su escasa o nula formación militar con entrega, disciplina y una elevada motivación. Más de 900 llegaron a pasar por las filas de la Marina de Euzkadi.
A pesar de las tensiones con las autoridades navales republicanas, la Marina Auxiliar cooperó con las Fuerzas Navales del Cantábrico en cuanto pudo y cubrió sus carencias en la medida en que sus limitados medios lo permitieron. Se ocupó de la escolta de buques mercantes y del rastreo de minas en aguas vascas, llevando el peso de la campaña naval en el bando republicano durante la primera mitad de 1937.
La caida de Bilbao en junio de 1937 obligó a que los buques vascos se trasladaran a Santander, donde los dragaminas prosiguieron con las labores de rastreo. Algunos de los buques, con sus tripulaciones, fueron transferidos a las Fuerzas Navales del Cantábrico y luego operarían en Asturias. La evacuación de Santander en agosto de 1937, puso punto final a sus actividades aunque, sobre el papel, siguió existiendo unos meses más. Algunos de sus integrantes cayeron prisioneros, pero la mayoría consiguió llegar a Francia.
Aproximadamente la mitad de los llegados permanecería en suelo francés hasta el final de la contienda o, en algún caso aislado, pasaría a territorio franquista. La otra mitad regresaría a territorio gubernamental para continuar la guerra en la Armada Republicana o el Cuerpo de Carabineros. 
Quizá el caso más singular fue el del Cuerpo de Carabineros, donde el propio Gobierno Vasco afincado ahora en Barcelona auspició una entrada masiva de marinos procedentes de la Marina de Guerra Auxiliar y también de la Marina Mercante vasca. Allí tuvieron como labor tripular una flotilla de motoveleros y lanchas, dependientes del Ministerio de Hacienda, que se encargó de mantener el enlace entre los puertos del Levante republicano hasta el fin de la guerra. Después vino la represión o el exilio ‑para algunos una nueva guerra‑ y, en el mejor de los casos, el retorno a la actividad profesional, siempre en condiciones difíciles.
