Los bous armados
Con el fin de organizar la Marina de Guerra Auxiliar de Euzkadi, Egía seleccionó a los buques más adecuados para cada una de las misiones encomendadas. Para la protección del tráfico mercante y de los pesqueros que faenaban en aguas territoriales se escogió a 4 bacaladeros de la empresa PYSBE de Pasajes, llegados a Bilbao en la evacuación de Guipúzcoa. El 30 de octubre de 1936 el presidente del Gobierno Vasco, José Antonio Agirre firmó los decretos de incautación de los buques Hispania, Euzkal-Erria, Mistral y Vendaval, ocupándose la Armada Republicana de artillarlos. Se les instaló al principio 1 cañón de 101’6 mm. a proa y 2 ametralladoras en el puente (el Mistral llevaba también 1 de 76’2 mm. a popa). El 9 de diciembre fueron rebautizados Araba, Bizkaya, Gipuzkoa y Nabarra y entre enero y febrero se les instaló a todos, menos al Araba, un segundo cañón de 101’6 mm. a popa. El Araba, que siempre tuvo sus calderas en muy mal estado, fue desarmado en febrero de 1937 y entró en dique a continuación para sufrir una profunda modificación que no se había completado cuando cayó Bilbao en junio.
En diciembre fueron artilladas también dos pequeñas unidades tipo pareja de arrastre, el Goizeko-Izarra y el Iparreko-Izarra, colocándoles 1 cañoncito de 57 mm. a popa y al Iparreko además 1 ametralladora. En enero entró en servicio el bou Donostia, que anteriormente había sido el bou franquista Virgen del Carmen, cuya tripulación se sublevó la noche del 5 al 6 de diciembre y metió el buque en Bilbao. Su armamento original fue alterado, montaba a proa el cañón de 76’2 mm. que se retiró del Gipuzkoa y 
a popa otro de 47 mm. que ya traía, así como 2 ametralladoras y 6 cargas de profundidad de fabricación alemana que también portaba cuando entró en Bilbao. Avanzada la primavera de 1937 se iniciaron las modificaciones necesarias para armar dos buques más a los que se puso por nombre Gazteiz e Iruña, pero la caída de Bilbao sorprendió al último en plena modificación y a ambos sin material artillero. Sólo el Gazteiz llegaría a entrar en servicio en junio, pero desarmado. La gente conocía popularmente a estos barcos como «los bous».
Los dragaminas y buques auxiliares
Para el rastreo de minas se seleccionaron unos cuantos pesqueros tipo pareja de arrastre que recibieron el nombre de «dragaminas» o «barreminas». Inicialmente su número fue reducido, no más de 6 se dedicaban a esta labor en enero de 1937, pero las necesidades impuestas por los sucesivos minados de Bilbao obligaron a incrementar su número hasta llegar a 24 en mayo de 1937. Al principio estas embarcaciones conservaron sus nombres originales, pero en mayo les fueron suprimidos, asignándoles los numerales D-1 a D-24. En general eran barcos de entre 30 y 110 toneladas, que podían navegar a velocidades de 8 a 10 nudos y llevaban entre 8 y 12 tripulantes. Un total de 27 embarcaciones sirvieron como dragaminas con la Marina de Euzkadi en uno u otro momento.
En labores auxiliares de apoyo a los dragaminas y vigilancia nocturna se utilizaron 6 pesqueros de bajura que la Marina Auxiliar clasificó como «lanchas motoras auxiliares» o «laguntzailles». A comienzos de mayo sus nombres fueron sustituidos por los numerales L-1 a L-6. Sus dimensiones eran más reducidas, de 12 a 35 toneladas, 8 a 10 nudos de velocidad y de 4 a 10 tripulantes. Ni los dragaminas, ni las lanchas iban armados.
Además de ellos, también formaron parte de la Marina Auxiliar varios buques auxiliares, canoas automóviles, yates y lanchas rápidas. Unos se utilizaron para el servicio de prácticos o el enlace marítimo entre Bilbao y Bayona y otros actuaron en colaboración con los dragaminas o en diversas tareas portuarias.
En los buques de las Fuerzas navales del Cantábrico
En mayo y junio de 1937, a petición de la Jefatura de las FNC, se destinaron al submarino C-6 y a los destructores José Luis Díez y Císcar unos 220 marinos del Voluntariado del Mar para sustituir a otro personal que no ofrecía confianza y cubrir bajas. Desde ese momento y hasta la caída de Bilbao los dos destructores y el submarino fueron atendidos por los servicios de Intendencia de la Jefatura de Marina de Euzkadi. Una vez que los buques se trasladaron a Santander un buen número de ellos fue desembarcado y el resto incorporado a la Marina Republicana.
