Les chalutiers armés dites « Bous »
Pour organiser la Marine de Guerre Auxiliaire d'Euzkadi, Egía sélectionna les navires les mieux adaptés pour chacune des missions confiées. Pour protéger le trafic marchand et de pêche sur les eaux territoriales, il choisit 4 morutiers de l'entreprise PYSBE de Pasajes, arrivés à Bilbao lors de l'évacuation de Gipuzkoa. Le 30 octobre 1936, le président du Gouvernement basque, José Antonio Agirre signa les décrets de confiscation des navires Hispania, Euzkal-Herria, Mistral et Vendaval, tandis que l'Armée Républicaine se chargeait de les armer. Elle les équipa d'abord d'un canon de 101,6 mm sur la proue et de 2 mitrailleuses sur le pont (le Mistral en portait aussi un de 76,2 mm sur la poupe). Le 9 décembre ces navires furent rebaptisés Araba, Bizcaya, Gipuzkoa et Nabarra et on installa sur tous entre janvier et février, sauf l'Araba, un second canon de 101,6 mm sur la poupe. L'Araba dont les chaudières avaient toujours été en très mauvais état, fut désarmé en février 1937 puis mis en cale sèche ensuite pour être modifié en profondeur, travail qui n'était toujours pas terminé lors de la chute de Bilbao en juin.
En décembre furent aussi armés deux petites unités de pêche de halage, le Goizeko-Izarra et l'Iparreko-Izarra ; ils furent équipés d'un petit canon de 57 mm sur la poupe, avec une mitrailleuse de plus pour l'Iparreko. En janvier entra en service le bou Donostia, qui avait été précédemment le chalutier armé franquiste Virgen del Carmen, et dont l'équipage s'insurgea dans la nuit du 5 au 6 décembre et mit le navire à Bilbao. Son armement d'origine fut modifié, on monta sur sa proue le canon de 76,2 mm qui avait été retiré du Gipuzkoa et sur sa proue un autre canon de 47 mm qui 
était déjà installé, ainsi que 2 mitrailleuses et 6 charges de profondeur de fabrication allemande dont il était déjà équipé à son entrée dans le port de Bilbao. Au printemps 1937 commencèrent les modifications nécessaires pour armer deux navires supplémentaires, baptisés Gazteiz et Iruña, mais la chute de Bilbao surprit le dernier en pleine modification et tous les deux sans armement. Seul le Gazteiz entrerait en service en juin, mais désarmé. Les gens appelaient populairement ces navires les "Bous".
Les dragueurs de mines et les navires auxiliaires
Pour détecter et draguer les mines, on sélectionna des navires de pêche type chalutier de fond que l'on appela "dragaminas" ou "barreminas". Leur nombre fut réduit à l'origine puisqu'ils étaient à peine six pour ces opérations en janvier 1937, mais les besoins imposés par les minages successifs de Bilbao obligèrent à accroître leur nombre. C'est ainsi qu'ils étaient 24 en mai 1937. Au début ces embarcations conservèrent leurs noms d'origine, mais ils furent supprimés en mai. On leur attribua les codes D-1 à D-24. En général il s'agissait de navires de 30 à 110 tonnes, qui pouvaient naviguer à des vitesses de 8 à 10 nœuds et étaient pilotés par un équipage de 8 à 12 personnes. 27 embarcations au total servirent de dragueurs de mines avec la Marine d'Euzkadi à un moment ou un autre.
Dans les travaux auxiliaires de soutien aux dragueurs et de surveillance nocturne, on utilisait 6 petits navires de pêche que la Marine Auxiliaire dénomma "chaloupes auxiliaires" o "laguntzailles". Au début mai, leurs noms furent remplacés par les codes L-1 à L-6. Ils étaient de taille plus réduite, de 12 à 35 tonnes, 8 à 10 nœuds de vitesse et avec un équipage de 4 à 10 personnes. Ni les dragueurs de mines ni les chaloupes n'étaient armés.
La Marine Auxiliaire était aussi composée de plusieurs navires auxiliaires, yachts et chaloupes rapides. Certaines de ces embarcations étaient utilisées pour le service de pilote ou la liaison maritime entre Bilbao et Bayonne, et d'autres agirent en collaboration avec les dragueurs de mines ou dans divers travaux portuaires.
Dans les navires de les Forces Navales du Cantábrico
En mai et juin 1937, quelques 220 marins du Volontariat de la Mer basque furent affectés au sous-marin C-6 et a les destructeurs José Luis Diez et Císcar, à la demande de la Direction des FNC pour remplacer d'autres agents qui n'étaient pas dignes de confiance et pour couvrir les absences. Dès lors et jusqu'à la chute de Bilbao, les deux destructeurs et le sous-marin furent pris en charge par les services d'Intendance de la Direction de Marine d'Euskadi. Lorsque les navires furent transférés à Santander, nombre d'entre eux furent débarqués et les autres intégrés dans la Marine Républicaine.
