Au début de la Guerre Civile en juillet 1936, la situation dans le Golfe de Gascogne était clairement en faveur des insurgés. À El Ferrol ils prirent possession du cuirassé España, du croiseur Almirante Cervera, du destructeur Velasco et d'autres navires plus petits. Ils prirent aussi possession de plusieurs navires en construction, comme les croiseurs Canarias et Baleares, qui allaient entrer en service, et quatre mineurs plus attardés, dont seulement un, le Jupiter entra en service avant la chute de Bilbao.
Seul le petit Torpedero 3 basé à Pasajes resta loyal à la République. En octobre 1936 après l'expédition au Nord de la Flotte Républicaine restaient dans le Golfe de Gascogne le destructeur José Luis Diez et les sous-marins C-2 et C-5. Les Forces Navales du Cantábrico [le Golfe de Gascogne est nomé "Cantábrico" en espagnol] furent formés avec ces bâtiments. En décembre le C-5 fut perdu et au printemps 1937 la flotte s'agrandit avec l'intégration du destructeur Císcar et les sous-marins C-4 et C-6. Le rendement de cette force navale était peu élevé, notamment par le fait que la plupart de ses officiers sympathisaient avec les insurgés. Ils profitaient de leur poste pour saboter les navires, démoraliser les équipages et les encourager à l'indiscipline.
La supériorité navale des rebelles leur permit d'agir sans opposition pendant les premiers mois de la guerre en bombardant la côte, en faisant des prisonniers, en coulant plusieurs navires marchands, ou en empêchant les activités de pêche. C'est à cause de la faible efficacité des navires républicains et du besoin d'assurer les communications maritimes que le Gouvernement basque créa une force navale propre destinée à atteindre ses objectifs.
Le 15 octobre 1936, le président du Gouvernement basque et conseiller de la Défense, José Antonio de Agirre, désigna Joaquín de Egia y Untzueta chef de la Section de Marine qui commença à fonctionner dix jours plus tard. La mission confiée à cette Section était d'organiser une force navale auxiliaire de l'Armée Républicaine qui se consacrerait à la protection du trafic marchand et des travaux de pêche dans les eaux basques, tout en débarrassant les accès des ports basques de mines sous-marines. C'est ainsi que vit le jour la Marine de Guerre Auxiliaire d'Euskadi.
Les bureaux de la Direction de la Section étaient installés au troisième étage de l'Hôtel Carlton de Bilbao. La taille du bureau était à l'origine très réduite, puisqu'il n'y avait qu'un chef, un secrétaire, un radiotélégraphiste et le personnel administratif. Néanmoins, étant donné le rapide agrandissement de la Flotte Auxiliaire, il fut nécessaire de doter la Direction d'une structure plus grande, complétée finalement en mars 1937. L'organisation ainsi conçue resta en l'état jusqu'à la chute de Bilbao. Lorsqu'elle fut transférée à Santander, la cellule de Direction fut à nouveau réduite à un chef avec son secrétaire, un inspecteur de machines, un conseiller technique, un responsable d'administration, un autre chargé des approvisionnements et un petit nombre de personnel auxiliaire. Pendant la guerre, sa composition était la suivante:
- Direction de la Section de Marine : Elle se chargeait directement de la direction opérative des navires et des services de la Marine de Guerre Auxiliaire. La responsabilité des services était répartie en plusieurs bureaux :
- Secrétariat : Il se chargeait des travaux de secrétariat, d'information et de documentation, des archives, de la santé, ...
- Bureau du Personnel et de l'Armement : Il était chargé de recruter le personnel, les affectations, les casernements, l'armement, …
- Bureau de la Construction et des Réparations : Il se chargeait de diriger les modifications et les réparations effectuées sur les navires de la Marine Auxiliaire.
- Bureau d'Administration : Il s'occupait de la comptabilité et de la paie
- Bureau des Transmissions : Il était chargé des communications radiophoniques et radiotélégraphiques.
- Bureau de l'Intendance : Il s'occupait de l'approvisionnement et du stockage des vivres, des ravitaillements et des effets navals.
Délégation de Marine de Portugalete : La Délégation s'installa à l'Hôtel de Portugalete à partir de novembre 1936 ; il disposait par ailleurs sur le quai d'un entrepôt d'intendance et d'approvisionnements et d'une autre aménagé ensuite pour conserver les mines sous-marines recueillies. Il s'occupait de l'attention des installations portuaires de Portugalete qui servaient de base à tous les navires de la Marine Auxiliaire. Il servait en outre de liaison avec les chalutiers armés et dirigeait le service de recueil de mines et de surveillance des côtes. Il avait à sa disposition plusieurs embarcations plus petites pour les travaux portuaires. - Service de guets et de vigies : Tous les postes de vigie et de guets dépendaient de la Direction de Marine qu'ils informaient directement de toute nouveauté. Elle fut créée pour surveiller la côte à partir de plusieurs postes fixes installés à Punta Lucero, Punta Galea, Sopelana, Plentzia, Cabo Villano, Cabo Machichaco et Lequeitio.
Service de Pilotes : La Direction de Marine dirigea aussi de novembre 1936 à mars 1937 le Service de Pilotes du port de Bilbao. À partir de mars il passa à la Direction de la Marine Marchande.- *Caserne de Marine : En 1937 fut installé à Getxo une Caserne de Marine pour héberger le personnel en attente d'affectation ou en réserve pour piloter les navires en phases d'enrôlement. Elle était commandée par le commandant du chalutier armé Araba, puisque son équipage formait la plupart des membres de la garnison de la caserne.
- Chalutiers armés : Ils dépendaient directement de la Direction de Marine et n'étaient pas organisés en flottille ; néanmoins l'officier le plus ancien qui exerçait parfois en tant que commodore, était le commandant du Gipuzkoa, Manuel Galdós. Le 5 août 1937, les chalutiers armés actifs furent transférés aux Forces Navales du Cantábrico.
Flottille de Dragueurs de mines : La Délégation de Portugalete était chargée de planifier et coordonner le service de manière quotidienne, selon les instructions de la Direction de Marine, tandis qu'un capitaine assumait le commandement direct. Cela comprenait les dragueurs de mines et les chaloupes qui collaboraient avec eux. Le 1er août 1937 six dragueurs et deux chaloupes auxiliaires furent transférés aux FNC [Fuerzas Navales del Cantábrico], le reste fut évacué vers la France un mois après.- Services Spéciaux : La Direction de Marine destina du personnel et quelques embarcations à des missions spéciales, comme la liaison radiophonique et radiotélégraphique avec Bayonne, la liaison maritime avec cette même ville et, même, la conduite d'armes et d'approvisionnements aux ports loyaux du Golfe de Gascogne. Les navires de ces services restèrent en France lors de la chute de Bilbao.
- Personnel dans les Fuerzas Navales del Cantábrico : Dans les bureaux des FNC situés également dans l'Hôtel Carlton travaillaient une douzaine d'administratifs et de chauffeurs cédés par la Marine Auxiliaire. En outre en mai 1937, 9 quartiers-maîtres et marins du Volontariat basque de la Mer furent affectés au sous-marin C-6, à la demande de son commandant pour remplacer d'autres agents qui n'étaient pas dignes de confiance et pour couvrir les absences.
Au début juin, à la demande de la Direction des FNC, de nombreux membres d'équipage des destructeurs José Luis Diez et Císcar furent débarqués ; ils étaient jugés insubordonnés et peu dignes de confiance ; pour les remplacer on envoya quelques 210 marins du Volontariat de la Mer. Dès lors et jusqu'à la chute de Bilbao, les deux destructeurs et le sous-marin furent pris en charge par les services d'Intendance de la Direction de Marine d'Euskadi. Lorsque les navires furent transférés à Santander, nombre d'entre eux furent débarqués et les autres intégrés dans la Marine Républicaine.
