Al iniciarse la Guerra Civil española en julio de 1936, la situación en el Mar Cantábrico era claramente favorable a los sublevados. En El Ferrol se apoderaron del acorazado España, el crucero Almirante Cervera, el destructor Velasco y otros buques más pequeños. También se apoderaron de varios buques en construcción como los cruceros Canarias y Baleares, próximos a entrar en servicio, y cuatro minadores más retrasados, de los que sólo uno, el Júpiter, entró en servicio antes de caer Bilbao.
Únicamente permaneció leal a la República el pequeño Torpedero 3 con base en Pasajes. En octubre de 1936, después de la expedición al Norte de la Flota Republicana, quedaron en el Cantábrico el destructor José Luis Diez y los submarinos C-2 y C-5. Con todos ellos se formaron las Fuerzas Navales del Cantábrico. En diciembre se perdió el C-5 y en la primavera de 1937 se incorporaron el destructor Císcar y los submarinos C-4 y C-6. El rendimiento de esta fuerza naval fue escaso debido, sobre todo, a que la mayoría de sus oficiales simpatizaban con los sublevados. Desde su puesto se dedicaron a sabotear los buques y a fomentar la desmoralización e indisciplina entre las tripulaciones.
La superioridad naval de los rebeldes les permitió actuar sin oposición durante los primeros meses de guerra bombardeando la costa, apresando o hundiendo varios mercantes e impidiendo el ejercicio de la pesca. La poca eficacia de los buques republicanos y la necesidad de asegurar las comunicaciones por mar movió al Gobierno Vasco a crear una fuerza naval propia que cubriera esos cometidos.
El 15 de octubre de 1936, el presidente del Gobierno Vasco y consejero de Defensa, José Antonio de Agirre, designó a Joaquín de Egia y Untzueta jefe de la Sección de Marina que empezó a funcionar diez días después. La misión confiada a esta Sección era la de organizar una fuerza naval auxiliar de la Armada Republicana que se dedicara a la protección del tráfico mercante y de las faenas de pesca en aguas propias y mantuviera libres de minas submarinas los accesos a los puertos vascos. Así nació la Marina de Guerra Auxiliar de Euzkadi.
La Jefatura de la Sección tenía instaladas sus oficinas en el tercer piso del Hotel Carlton de Bilbao. Inicialmente su dimensión era muy reducida, pues se limitaba al jefe, un secretario, un radiotelegrafista y el personal administrativo. La dimensión que pronto alcanzó la Flota Auxiliar hizo necesario dotar a la Jefatura de una estructura más amplia, que se completó en marzo de 1937. La organización así diseñada se mantuvo ya hasta la caída de Bilbao. Cuando se trasladó a Santander volvió a quedar reducida al jefe con su secretario, un inspector de máquinas, un asesor técnico, un responsable de administración, otro de suministros y un pequeño número de personal auxiliar. Su composición durante la guerra fue la siguiente:
- Jefatura de la Sección de Marina: Se encargaba directamente de la dirección operativa de los buques y serviciosde la Marina de Guerra Auxiliar. La responsabilidad de los servicios se distribuía entre diversos negociados:
- Secretaría: Se ocupaba de las labores de secretaría, información y documentación, archivos, sanidad,...
- Negociado de Personal y Armamento: Se encargaba del reclutamiento de personal, destinos, acuartelamiento, armamento,...
- Negociado de Construcción y Reparación: Se encargaba de dirigir las modificaciones y reparaciones que se hicieron a los buques de la Marina Auxiliar.
- Negociado de Administración: Se ocupaba de la contabilidad y pagaduría.
- Negociado de Transmisiones: Se encargaba de las comunicaciones radiofónicas y radiotelegráficas.
- Negociado de Intendencia: Se ocupaba del suministro y almacenamiento de víveres, pertrechos y efectos navales.
Delegación de Marina de Portugalete: La Delegación se instaló en el Hotel de Portugalete desde noviembre de 1936 y disponía también en el muelle de un almacén de intendencia y suministros y otro más que se habilitó después para guardar las minas submarinas recogidas. Se ocupaba de la atención de las instalaciones portuarias de Portugalete que servían de base a todos los buques de la Marina Auxiliar, además de servir de enlace con los bous artillados y de dirigir el servicio de recogida de minas y de vigilancia costera. Tenía a su disposición varias embarcaciones menores para labores portuarias. - Servicio de Atalayas y Vigías: Todos los puestos de vigías y atalayas dependían de la Jefatura de Marina a la que informaban directamente sus novedades. Fue creado para mantener la vigilancia de costa desde puestos fijos instalados en Punta Lucero, Punta Galea, Sopelana, Plencia, Cabo Villano, Cabo Machichaco y Lequeitio.
Servicio de Prácticos: La Jefatura de Marina dirigió también, entre noviembre de 1936 y marzo de 1937 el Servicio de Prácticos del puerto de Bilbao. A partir de marzo pasó a la Dirección de Marina Mercante. - Cuartel de Marina: Avanzado el año 1937 se instaló en Guecho un Cuartel de Marina para alojar al personal pendiente de destino o en reserva para tripular los buques que estaban en fase de alistamiento. Lo mandaba el comandante del bou Araba, ya que su tripulación formaba la mayoría de la guarnición del cuartel.
- Bous Artillados: Dependían directamente de la Jefatura de Marina y no estaban organizados en flotilla; si bien, el oficial más antiguo, que en ocasiones hacía las veces de comodoro, era el comandante del Gipuzkoa, Manuel Galdós. El 5 de agosto de 1937, los bous en activo se transfirieron a las Fuerzas Navales del Cantábrico.
Flotilla de Dragaminas: La Delegación de Portugalete era la que planificaba y coordinaba el servicio de manera cotidiana, siguiendo las instrucciones de la Jefatura de Marina, mientras un capitán asumía su mando directo. Incluía los dragaminas y las lanchas que colaboraban con ellos. El 1 de agosto de 1937 se transfirieron a las FNC seis dragaminas y dos lanchas auxiliares, el resto evacuó a Francia un mes después.- Servicios Especiales: La Jefatura de Marina destinó personal y algunas embarcaciones a misiones especiales, como el enlace radiofónico y radiotelegráfico con Bayona, el enlace marítimo con la misma localidad e, incluso, la conducción de armas y suministros a los puertos leales del Cantábrico. Los buques de estos servicios quedaron en Francia al caer Bilbao.
- Personal en las Fuerzas Navales del Cantábrico: En las oficinas de las FNC, sitas también en el Hotel Carlton, trabajaban una decena de escribientes y chóferes cedidos por la Marina Auxiliar. Además, en mayo de 1937, se destinaron al submarino C-6, a petición de su comandante, 9 cabos y marineros del Voluntariado del Mar para sustituir a otro personal que no ofrecía confianza y cubrir bajas.
A comienzos de junio, a petición de la Jefatura de las FNC, fue desembarcada la mayoría de las tripulaciones de los destructores José Luis Díez y Císcar porconsiderarlas insubordinadas y no tener confianza en ellas; para sustituirlas se enviaron unos 210 marinos del Voluntariado del Mar. Desde ese momento y hasta la caída de Bilbao los dos destructores y el submarino fueron atendidos por los servicios de Intendencia de la Jefatura de Marina de Euzkadi. Una vez que los buques se trasladaron a Santander un buen número de ellos fue desembarcado y el resto incorporado a la Marina Republicana.
