La Consejería de Industria, que dirigía el socialista Santiago Aznar, era la encargada de gestionar las competencias asumidas por el Gobierno provisional del País Vasco en materia de Marina civil. Creó para ello las Direcciones Generales de Pesca y de la Marina Mercante y nombró como responsables a Santiago Chausson y Pantaleón León respectivamente. La Dirección General de la Marina Mercante, además de organizar la numerosa Flota mercante de bandera vasca, se ocupó de establecer un servicio de enlace marítimo regular entre Bilbao y Bayona para el traslado de correspondencia, pasajeros y, en ocasiones, suministros bélicos.
La Dirección General de la Marina Mercante creó también el Cuerpo provisional de Policía Marítima del País Vasco mediante Decreto del Departamento de Industria de 3 de noviembre de 1936. No tenía, por tanto, ninguna vinculación, ni relación directa con la Marina de Guerra Auxiliar. La creación de la Policía Marítima se debió a la necesidad de vigilar el puerto y muelles de Bilbao y la ría, y de los demás puertos bajo control del Gobierno de Euzkadi, que hasta entonces habían asumido distintos organismos y Juntas de Defensa de los pueblos. Además se ocupó de fiscalizar el desembarco de mercancías y controlar el movimiento de embarcaciones que entraban y salían.
El 9 de noviembre, el Diario Oficial del País Vasco publicó el concurso para la provisión de 95 plazas de policías marítimos. Se exigía haber nacido en Euzkadi o llevar al menos tres años de residencia, ser marino profesional entre 30 y 45 años y estar avalado por alguno de los partidos políticos o sindicatos afectos a la legalidad republicana. Se cubrieron además otras 22 plazas para las tripulaciones de las lanchas de vigilancia de la Policía. El personal se distribuyó entre los diferentes grupos políticos y sindicales, asignándose un tercio aproximadamente a los afiliados de STV y PNV, otro tercio para los socialistas y miembros de la UGT y otorgándose los restantes cargos a los demás grupos políticos y sindicales.
Había puestos de Policía Marítima en todos los puertos vascos, incluidos los más pequeños: Bilbao (Campo Volantín), Zorroza-Olaveaga, Luchana-Baracaldo, Portugalete, Santurce, Las Arenas-Algorta, Plencia, Arminza, Baquio, Bermeo, Laida, Elanchove, Ea y Lequeitio. Sus integrantes hacían el servicio de vigilancia tanto en tierra como en mar. Para el servicio de vigilancia marítima disponían de una media docena de lanchas motoras entre las que se contaban la V-7 de la Subsecretaría de la Marina Civil, Euzkadi (ex Lovic), Pirulo y Txirimol.
Entre sus actuaciones más destacadas habría que señalar la del 8 de enero de 1937 cuando, según publicaba la prensa de la época, la motora Euzkadi, provista de una ametralladora y que hacía el servicio desde Lequeitio, recibió aviso del atalayero de la localidad de que al norte de Ondárroa, a unas diez millas aproximadamente, se hallaban cinco embarcaciones de pesca detenidas por el destructor José Luis Díez que las había tenido que abandonar por acudir a otro servicio. Rápidamente se hizo a la mar, poniendo proa a la dirección indicada, hasta dar vista a una de las embarcaciones a la altura de Motrico, pues las otras, de las que sólo se veían los humos, habían conseguido adentrarse en la costa. El pesquero al que dio alcance la motora Euzkadi era el Nuestra Señora del Rosario, de Guetaria, que había salido a pescar besugo. Mientras desde Motrico se disparaban algunas granadas contra la motora sin consecuencias, el Nuestra Señora del Rosario fue conducido a Lequetio y allí quedó requisado. Sus diez tripulantes, uno de Motrico y el resto de Guetaria, quedaron en libertad una vez interrogados.
Pocos días después, el 18 de enero, la lancha Pirulo utilizada en servicio de localización de minas descubría una a unas 4 ó 5 millas al norte de Punta Lucero. Una vez balizada, avisó a los dragaminas de servicio. Al efectuar el rastreo, uno de ellos, el Mari Toya, chocó con otra mina y estalló en mil pedazos. La lancha Pirulo que se encontraba a tan sólo 50 metros fue la primera en acudir y pudo rescatar a dos supervivientes. Otra embarcación rescató a dos más.
En otra operación realizada el 10 de febrero fueron detenidas 16 personas, entre ellas un militar del Regimiento de Garellano. Todas ellas intentaban escapar desde Elanchove sobornando al maquinista de una lancha de la Policía Marítima para que les llevara a San Sebastián. Pero el maquinista lo puso en conocimiento de su jefe y fueron todos detenidos incautándoseles objetos por valor de 60.000 pesetas.
Unos días más tarde, el 18 de febrero, fue descubierto un intento parecido cuando varias personas trataban de huir a Francia desde Bermeo, en el pesquero Danielín, después de sobornar a su patrón. La Policía Marítima se presentó a bordo del Danielín poco antes de zarpar, lo registró y detuvo a las 13 personas que intentaban fugarse, así como a toda la tripulación. A los detenidos se les encontraron objetos por valor de 20.000 pesetas que les fueron incautados.
Pero la Policía Marítima no sólo frustró muchos intentos de evasión por mar al campo enemigo o se dedicó a mantener el orden en los puertos y a controlar el tráfico de mercancías. También colaboró en la descarga de buques en momentos de urgencia, como fue el caso del Yorkbrook, entrado con armas en Bermeo el 5 de marzo, y tuvieron una participación muy destacada en la evacuación de Bilbao. Ordenaron el embarque de los evacuados y gracias a su trabajo se pudieron sacar del puerto todos los buques utilizables, quedando hundido en la ría solamente el material inservible. Cuando las tropas franquistas entraron en Bilbao el Cuerpo se disolvió. Un pequeño grupo de policías consiguió escapar a Francia en la lancha Txirimol que entró en San Juan de Luz el 17 de junio. Las demás lanchas fueron apresadas por los franquistas.
