Industria Saila Santiago Aznar sozialistak zuzentzen zuen, eta sail horrena zen Euskadiko Behin-Behineko Jaurlaritzak bere gain hartutako eskumenak kudeatzeko ardura, Herri Ontziteriari zegokionean bederen. Horretarako, Arrantzuko eta Merkantzia Ontziteriako Zuzendaritza Nagusiak sortu zituen, eta Santiago Chausson eta Pantaleón León izendatu zituen, hurrenez hurren, haien arduradun. Merkantzia Ontziteriaren Zuzendaritza Nagusiak, euskal bandera zuen merkantzia flota handia antolatzeaz gain, Bilbo eta Baiona arteko itsas lotura erregularreko zerbitzua eratu zuen, posta, bidaiariak eta, zenbaitetan, gerra-horniak garraiatzeko.
Merkantzia Ontziteriaren Zuzendaritza Nagusiak, Industria Sailaren 1936ko azaroaren 3ko dekretuaz, beste atal bat ere sortu zuen, Euskadiko Itsas Poliziaren Behin-Behineko Gorputza. Ez zuen, beraz, inolako lotespenik zein zuzeneko harremanik Armada Laguntzailearekin. Bilboko portua, kaiak eta itsasadarra, eta Euskadiko Jaurlaritzaren kontrolpean zeuden bestelako portuak zaindu beharrak eragin baitzuen Itsas Poliziaren sorrera, ordura arte erakunde desberdinek eta herrietako Defentsa Batzarrek hartua baitzuten bere gain egiteko hori. Gainera, merkantziak lehorreratzeko eta sartzen eta irteten ziren ontzien joan-etorrien kontrola ere eraman zuen.
Azaroaren 9an, Euzkadi’ko Agintaritzaren Egunerokoak itsas polizien 95 plaza betetzeko lehiaketa argitaratu zuen. Euskadin jaioa izatea galdatzen zuten, edo dagoeneko gutxienez hiru urtez bertan bizi izatea, marinel profesionala izatea, 30 eta 45 urte bitartekoa, eta errepublikaren legaltasunari atxikiriko alderdi politiko edo sindikaturen baten abala izatea. Beste 22 plaza ere bete zituzten, Poliziaren zainketa-txalupetako tripulazioetarako. Alderdi politiko eta sindikatu desberdinen artean banatu zen pertsonala, eta gutxi gorabehera heren bat hartu zuten ELA eta EAJren afiliatuek, beste heren bat sozialista eta UGTren kideek, eta beste karguak beste alderdi politiko eta sindikatuei eman zizkieten.
Itsas Poliziako postuak euskal portu guztietarako zeuden, txikienak ere hartuz, hala nola: Bilbo (Campo Volantín), Zorroza-Olabeaga, Lutxana-Barakaldo, Portugalete, Santurtzi, Areatza-Algorta, Plentzia, Arminza, Bakio, Bermeo, Laida, Elantxobe, Ea eta Lekeitio. Poliziek lehorrean zein itsasoan betetzen zuten zainketa lana. Itsas zainketa-zerbitzurako dozena erdi bat txalupa motoredun ziren, horien artean Herri Ontziteriaren Idazkariordetzaren V-7, Euzkadi (lehengo Lovic), Pirulo eta Txirimol.
Jarduera aipagarrienen artean 1937ko urtarrilaren 8koa dugu azaltzeko modukoa; izan ere garaiko prentsak zioenez Euzkadi motoredunak, metrailadore bat zuela eta Lekeitiotik aritzen zelarik lanean, herriko talaiariaren oharra jaso zuen, hark esan baitzion Ondarroatik iparrera, hamar bat miliara, José Luis Díez destruktoreak gerarazitako bost arrantzuntzi zeudela, eta beste zerbitzu bat betetzera joan beharrez destruktoreak bertan laga zituela. Berehala sartu zen itsasoan, eta adierazitako norabiderantz jarri branka, Mutriku parean arrantzuntzietako bat ikusi zuen arte, ezen besteek, kea besterik erakusten ez zutenak, kostaldera hurbiltzea lortu zuten. Euzkadi motoredunak harrapatu zuen arrantzuntzia Getariako Nuestra Señora del Rosario zen, bisigutara irtenda baitzegoen. Mutrikutik hainbat granada jaurti zizkioten motoredunari, baina ez zuten jo, eta Nuestra Señora del Rosario Lekeitiora eraman zuen, hantxe lagaz konfiskatuta. Hamar tripulatzaileak, Mutrikukoa bat eta Getariakoak beste bederatziak, aske geratu ziren behin galdekatu eta gero.
Egun batzuk geroxeago, urtarrilaren 18an, mina miaketan erabiltzen zuten Pirulo txalupak bat aurkitu zuen Luzero lurmuturretik lauzpabost miliara. Balizatu eta gero, jarduneko minaketariei eman zien abisua, eta hauetako batek, Mari Toyak, miaketan ari zela beste mina bat ukitu eta txiki-txiki eginda geratu zen leherketaz. Pirulo txalupa, 50 bat metrora baitzegoen, iristen lehena izan zen, eta bi marinel erreskatatu zituen. Beste ontzi batek beste bi jaso ahal izan zituen.
Beste operazio batean, otsailaren 10ean, 16 pertsona atxilotu zituzten, tartean Garellanoko Erregimentuko militar bat. Guztiak ari ziren Elantxobetik ihes egiteko ahaleginetan, Itsas Poliziako txalupa bateko makinaria erosi baitzuten Donostiara eraman zitzan; makinariak bere buruzagiari jakinarazi ordea, eta guztiak atxilotu zituzten, 60.000 pezetako balioko gauzak ere konfiskatuz.
Geroxeago, otsailaren 18an, antzeko ahalegin bat antzeman zuten, hainbat pertsonak Bermeotik Frantziara alde egin nahi zutelarik Danielín arrantzuntzian, patroia erosi eta gero oraingoan ere. Itsas Polizia agertu zen Danielínen, itsasoratu baino lehentxeago, eta ihes egin nahi zuten 13 pertsonak atxilo hartu zituen, tripulazio osoarekin batera. Atxilotuei 20.000 pezetako balioko gauzak aurkitu, eta konfiskatu egin zizkieten.
Baina Itsas Poliziaren lan bakarra ez zen itsasoz etsaiaren aldera ihes egiteko ahalegin askori porrota eragitea edo portuetako ordena mantentzea eta merkantzia trafikoa kontrolatzea soilik izan. Ontzien deskargan ere lagundu zuen premia handia zegoenean, esaterako Yorkbrook ontzia Bermeon armaz kargaturik sartu zenean, martxoaren 5ean hain zuzen, eta Bilboko ebakuazioan ere gogotik aritu zen lanean. Ebakuatuak ontziratzeko agindua eman zuen, eta egin zuen lanari esker portutik atera ahal izan zituzten ontzi erabilgarri guztiak, bakar-bakarrik balio ez zuen materiala hondoratuz itsasadarrean. Francoren soldaduak Bilbon sartu zirenean desegin zen Gorputza. Polizia talde txiki batek Txirimol txaluparekin lortu zuen Frantziara ihes egitea eta Donibane Lohitzunera heldu zen ekainaren 17an; beste batzuk, ordea, atxilotu egin zituzten horretan saiatu zirenean.
