Lors de la chute du front nord, la majeure partie du personnel de la Marine de Guerre Auxiliaire d'Euzkadi parvint à atteindre les ports français. Un peu plus de la moitié de ces marins resta définitivement en France. Les autres traversèrent la frontière catalane et continuèrent à se battre dans les rangs républicains. Plus d'une centaine d'entre eux entra dans la Marine Républicaine et d'autres le firent dans l'Armée de Terre et dans la DCA (Défense anti-aérienne). Un autre groupe, qui devait aussi être rejoint par du personnel qui avait servi dans la Marine Marchande basque, resta en Catalogne sans affectation. En avril 1938, les troupes franquistes parvinrent à la Méditerranée par Vinaroz, et coupèrent en deux le territoire républicain en isolant la Catalogne du reste du territoire loyal. Naquit alors l'idée d'organiser un service maritime qui permettrait de relier les deux zones et de transporter du personnel de l'une à l'autre, ainsi que de la correspondance officielle et certaines provisions ; les marins basques inoccupés intégrèrent ce service. L'idée fut rapidement reprise par le commandant Juan Víctor Echevarría, commissaire politique de la Direction Générale des Carabiniers, qui se chargea de la Direction Centrale de Transports du Ministère des Finances et de l'économie de la mettre en marche.
Les marins basques intégrèrent le Corps de Carabiniers, et prirent les commandes d'une petite flotte composée du yacht Nere Ametza (359 tonnes) ; plusieurs chaloupes de surveillance de la Tabacalera, dont la plus grande était la I-1 (128 tonnes) ; quelques voiliers à moteur de 100 à 300 tonnes et petite vitesse, et certaines chaloupes et yachts destinés à la surveillance et aux services portuaires. Certains navires étaient armés d'une ou deux mitrailleuses pour se défendre des attaques aériennes tandis que d'autres étaient désarmés. On attribuait à tout un numéro précédé des sigles M.H.F ("Ministerio de Hacienda-Flota", en français "Ministère des Finances-Flotte"). Les bases principales étaient à Barcelone, siège de la Direction Centrale des Transports et Valence, siège de la Sous-direction. Il y avait en outre des postes dans d'autres populations côtières et à Premiá de Mar une caserne pour les carabiniers qui n'embarquaient pas.
De juillet 1938 à la fin de la guerre, les navires de Carabiniers réalisèrent en continu ces missions de liaison sur la côte de Levante. Ils naviguaient généralement la nuit pour éviter les attaques de l'aviation ou des navires de surface. Ils subirent néanmoins des dommages : le Nere Ametza fut légèrement endommagé pendant un bombardement aérien à Barcelone, le voilier à moteur Arsenio Cañada fut abordé par le destructeur franquiste Huesca avec tout son équipage (17/10/1938), le Margarita Taberner fut sur le point d'être coulé par un hydravion qui l'attaqua après avoir dépassé Castellón (6/1/1939),… Pendant l'évacuation de Catalogne, plusieurs autres voiliers à moteurs furent perdus. Les autres, dont la I-1 et le voilier à moteur Malvarrosa, après avoir recueilli de nombreux réfugiés, purent atteindre Marseille en février 1939 et y restèrent internés.
Après la perte de Catalogne, la flotte fut réduite au Nere Ametza qui était alors à Valence, un voilier à moteur et des chaloupes plus petites. Le yacht fut ensuite à Jávea, mais en apprenant le départ de Cartagène de la plus grande partie de la Flotte Républicaine, le Nere Ametza abandonna la Côte de Levante et se réfugia à Oran le 7 mars 1939. Le même jour entrait à Bizerta la Flotte Républicaine avec à son bord de nombreux marins basques, puis se livra aux autorités françaises. Ceci mettait un terme à la Guerre Civile en mer.
