La Marine de Guerre Auxiliaire d'Euzkadi fut l'une des unités militaires les plus particulières et les moins connues de toutes celles qui prirent part à la Guerre Civile de 1936-1939. Elle dépendait exclusivement du Gouvernement Basque, et fut donc à ce titre particulièrement significative au niveau politique. Elle fut créée en octobre 1936 par le Département de la Défense du Gouvernement basque pour aider l'Armée Républicaine à protéger le trafic maritime et la pêche dans ses propres eaux et pour débarrasser les accès aux ports basques de mines sous-marines. Les circonstances politiques et militaires du conflit - notamment le fait que le Nord était isolé du reste du territoire gouvernemental -, le faible rendement des Forces Navales du Cantábrico [la dénomination espagnole du Golfe de Gascogne] républicaines - qui créèrent de nombreuses tensions entre les commandements des deux forces et débouchèrent sur une méfiance mutuelle - et la personnalité du chef de la Marine Auxiliaire, Joaquín de Egia, permirent à cette force navale d'acquérir une autonomie organique et opérationnelle absolue par rapport à la Marine Républicaine.
Pour organiser cette force auxiliaire, Egia transforma en "navires de guerre" bon nombre de navires de pêche réfugiés oisifs à Bilbao. Ils étaient arrivés pour la plupart lors de l'évacuation de Pasajes. Il les dota d'artilleries dans certains cas (chalutiers armés dites «bous») ou de filets pour draguer les mines sous-marines dans d'autres cas (dragueurs de mines). Tous les navires furent peints en gris plomb et ils portaient sur leurs armures inscrite en noir l'initiale de leur nom ou le numéro correspondant ; ils hissaient le drapeau basque sur la proue et le drapeau tricolore républicain sur la poupe. Les équipages étaient organisés avec du personnel volontaire, originaire des marines marchandes et de pêche. Ils surent pallier leur formation militaire rudimentaire ou nulle en étant impliqués, disciplinés et très motivés. Plus de 900 personnes passèrent dans les rangs de la Marine d'Euskadi.
Malgré les tensions avec les autorités navales républicaines, la Marine Auxiliaire coopéra au maximum avec les Forces Navales du Golfe de Gascogne et couvrit ses carences selon ses possibilités et ses moyens limités. Elle se chargea d'escorter les navires marchands et de draguer les mines dans les eaux basques, et porta le poids de la campagne navale dans le camp républicain pendant la première moitié de 1937.
La chute de Bilbao en juin 1937 obligea les navires basques à partir à Santander, où les dragueurs de mines poursuivirent leur travail de dragage. Certains des navires avec leur équipages furent transférés aux Forces Navales du Golfe de Gascogne puis travaillèrent dans les Asturies. L'évacuation de Santander en août 1937 mit un point final à leurs activités même si sur le papier elle continua à exister encore quelques mois. Certains de ses membres furent faits prisonniers, mais la plupart d'entre eux parvinrent à passer la frontière française.
Environ la moitié des exilés restèrent sur le sol français jusqu'à la fin de la guerre, alors que certains autres, en nombre très limité, passèrent dans le territoire franquiste. L'autre moitié passa sur le territoire gouvernemental pour continuer la guerre dans La Marine Républicaine ou dans le Corps de Carabiniers. Le cas le plus singulier fut sûrement celui du Corps des Carabiniers, où le Gouvernement basque même réfugié à Barcelone encouragea une entrée massive de marins provenant de la Marine de Guerre Auxiliaire et de la Marine Marchande basque. 
Leur travail consistait alors à diriger une flotte de voiliers à moteurs et de barques dépendants du Ministère des Finances qui se chargea de conserver la liaison entre les ports du Levante républicain jusqu'à la fin de la guerre. Puis vint la répression ou l'exil - pour certains une nouvelle guerre - et, dans le meilleur des cas, le retour à l'activité professionnelle, toujours dans des conditions difficiles.
